作为迄今为止最大的水利工程，南水北调已经开始在东线以及中线动工。但是即便是现在，学界仍然没有完全达成统一的意见。

中科院地理所的贾绍凤博士表示，考虑到成本的问题，南水北调后水价的上涨成为必然。实际上，为了与未来的水价衔接，相关的准备工作已经开始，北京市已经召开了针对水价问题的听证会。而南水北调工程兼具政府公益行为和商业行为两种性质，如果因为价格上涨而带来用水需求的下降，将把南水北调工程推到一个两难的困境。水利部有官员曾经私下表示，目前南水北调工程最大的担心来自于，如果途经省份不用水怎么办。

另外一个南水北调工程的焦点问题来自于资金配套。目前南水北调工程已经开工的东线和中线上，已经投入的资金几乎都来自于中央，从宏观经济的角度而言，积极财政政策正在淡出，如果国债发行规模逐渐缩小，南水北调工程的资金来源颇令人担忧。贾绍凤博士表示，此前在一些大型水利工程中，已经出现过先例，就是中央已经修建好主体工程，但是地方的配套工程甚至几十年都没有完成，大大影响了水利工程最后效益的发挥。此外，针对移民等补偿问题，还没有实行全成本补偿，而且还有900万移民补偿的遗留问题尚未解决，这都将成为考验南水北调工程最后成效的关键因素。