为了贯彻落实国务院办公厅紧急通知，《深入开展土地市场治理整顿工作实施方案》出台。经过发展改革委员会、财政部、农业部、建设部、监察部、审计署同意后，国土资源部就《实施方案》致函各省级人民政府、新疆生产建设兵团，要求及时制定具体方案，认真组织实施，6月底前向国土资源部提交新上项目用地情况清理整顿报告，并抄送发展改革委等六部委。国务院有关部门将进行抽查。

《实施方案》就深入开展土地市场治理整顿工作中的各项任务进行了分解。《实施方案》还对深入开展土地市场治理整顿工作中有关政策界限进行了明确。对《紧急通知》下发后清查出的去年以来发生的问题，要限期整改，并依法严肃处理。对在《紧急通知》下发后，仍有令不行、有禁不止、顶风违法违纪的行为，要坚决依法从严处理。自查发现的土地占用和土地审批问题，由同级政府或有关部门处理。决定停止建设的在建项目，停止办理用地手续，停止后续供地，停止发放土地证，决定取消立项的拟建项目，不得受理用地申请，不得办理规划、建设许可手续；已经受理用地申请的，不得批准用地；已经批准用地的，依法收回。对不符合环保规定、城市规划、项目审批等建设程序以及信贷政策等要求，决定暂停建设、限期整改的，一律暂停供应建设用地。