随着国企改革重组的推进，中国部分骨干企业开始在对外合资合作中失去中方控股权，为此越来越多的分析人士开始发出警告，国企大量外资被控股，其后果严重，很可能导致企业丧失自主创新的决策权和主动权。不可否认，作为一种投资行为，企业是否进行自主创新取决于控股方的决策思路。由于中国经济技术具有后发劣势，一些外资控股企业对具有一定风险性的自主创新并不“感冒”，甚至会出于长远竞争考虑而对其严格限制。如果这一问题得不到应有重视，将弱化中国企业的创新能力和国际竞争力。上海海立集团的合资历程，就是个例证。上世纪90年代初，海立集团与日本日立公司合资成立上海日立电器有限公司，由于中方处于控股地位（持有75%的股份），在自主创新上掌握了主动权。然而，随着2004年合资使用“日立”商标的合同到期，日方有意将商标赠与合资公司永久性免费使用，条件是中方不再使用“海立”品牌，相应的，自主创新不仅难于展开，且已有的技术创新成果也面临被收入控股方归入囊中的危险。更值得注意的是，在国有企业改革过程中，已有越来越多的企业选择合资重组的方式。特别是近年，这种股权合作方式出现新的变化，就是一些参股或相对控股的外资企业，不断谋求控股地位，通过增资扩股实现绝对控股或独资经营。依此趋势发展，在可预料的将来，中国大部分国有企业将失去控股地位，也将带来一系列难以预料的后果：一是国家的经济控制力将受到挑战；二严重弱化中国企业的自主创新能力；三是加剧企业的离心倾向；四是对企业的长远发展和产业结构优化带来影响，对此政府亟待给予高度关注。