如温家宝在2005年的政府工作报告中指出的，农村税费改革是农村经济社会领域一场深刻的变革，但种种迹象表明，取消农业税解决的问题，并没有引发和突显出来的问题多。吉林抚顺镇党委书记坦言：“抚顺镇正在迎来一个讨债高峰，我一年接到的法院传票不下50份，至少也得拿出50天到法院应诉”。而与此相类似的情况，在地方并不鲜见。免征农业税后，尽管农民政策性负担减下来了，但各种隐性负担却令许多地区难以承受。更严重的是，债务问题正引发一系列不稳定因素。部分地区，债权人纷纷向乡镇、村集体讨债，有的地方甚至把供养五保户、敬老院、优抚资金，判决执行给债权人。因还不起债务，一些村委会主任已受到司法机关处罚。县级财政已成为名符其实的“要饭财政”，寻租、设租造成整个体制的条条专政，又逼着地方政府走邪路。还有个很重要的问题，就是反自治化倾向严重。现在政府的走向应该是从全能型、多功能型转向有限功能型；从自上而下的行政型转向高度自治的服务型。但税费改革后的趋向却南辕北辙。有关后农业税时代的发展战略，中央曾讲过两个趋向：工业反哺农业，城市带动农村；自觉地调整国民收入的分配结构。有政情人士认为，后一句更应作为考虑的重点，一方面，财政结构要改变，保证县及县以下有一定的税源；同时，增大制度性的补助，深化农村土地制度改革，加速改变不平衡的收益分配制度。不过，所有这些问题解决的关键点即，在探索农民对土地财产权利实现的时候，必须要有农民政治上的民主权利的落实作为保障，反之就是失效的。说到底，农村税费改革其实是个回归物质与权利的命题。