两税并轨一直伴随诸多争议。一位参与制定外经贸“十一五规划”的专家透露，由于两税并轨造成的中国引资业绩的大幅减少，许多外资企业对“两税合并”表示担心，再加上很多地方政府也都通过各种渠道向中央反映“外资对地方经济的重要贡献”，使得中央一些高层领导“考虑是否需要‘叫停两税合并’”，而目前“正处于犹豫期”。针对内外资企业所得税有望并轨的说法，一直主张两税并轨的财政部，目前已经提出了一项折中草案：两税并轨方向不变，但并轨后，中国将在统一的企业所得税率基础上，继续给予外资企业一定的税率优惠。财政部的让步也没让商务部在博弈中获得完全的实惠，因为央行担心过多的外资进入，将会加剧中国国际收支失衡，从而威胁到人民币汇率稳定。如果财政部的折中方案得以通过，中国对外资的优惠将能够继续保留在所得税政策上，但两税并轨的推进也只能算是又一个各方利益平衡后的折中改革。