东北增值税改革可谓一波三折，继2004年底财政部、国家税务总局联合发文《关于进一步落实东北地区扩大增值税抵扣范围政策的紧急通知》，对东北税改关键政策进行重大调整后3个月，一纸《通知》再次发出，增值税抵扣方式从“全额抵扣”又回到“增量抵扣”。而事实上，这一优惠政策实施过程中，一直处于争议之中，而其中一个引人关注的问题即，“中性”特征与“优惠举措”间的矛盾。首先，增值税转型改革本应按照产业序列从高新技术推广开来，但现实情况，它却被当作了一种优惠政策，赋予了特殊使命。其结果改革时间拖得越长，其负面影响就愈强烈。其一，如果东部地区的企业认为在相当长的时期内无法进行固定资产或机器设备的抵扣，大量企业将迁往东北或中西部地区，造成人为的“产业空心化”，东部地区的经济增长会受到影响；其二，如果转型改革迟迟不在全国范围推开，会影响企业正常的经营决策，形成“持币待购”的现象，造成人为的经济波动。为此，有专家提醒需尽快解决这一矛盾。而事实上，调和起来难度可想而知，虽然日益高企的税收为改革提供了支撑，但从政府间财政关系角度看，增值税的转型改革势必减少地方财政收入，而这在很长一段时间几乎被视为了难以调和的矛盾，尤其在资本密集型行业集中的地区，这种形势更加突出。从某种意义上说，这是“利益博弈”的必然，更体现了政府提高执政能力的现实性与紧迫性。